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No, no existe diferencia son lo mismo, un afta es una lesión tipo ulcera pequeña superficial blanquecina, redondeada de bordes rojos bien delimitada, por lo que su cuidado es el mismo. El tiempo que tarden estas en desaparecer depende de la causa y de si recibió el tratamiento correcto.
Por lo general son de causa traumática (golpe, quemadura, mordedura) tardan en desaparecer de 7 a 10 días, si es de causa infecciosa como por ejemplo por virus del herpes es necesario que reciba tratamiento médico adecuado para su eliminación.
Espero haber aclarado tu duda, en caso de alguna otra inquietud estaremos atentos a responder, gracias por consultar.