La úlcera gástrica se encuentra dentro de la mucosa del estómago, mientras que la úlcera duodenal se encuentra en la mucosa del duodeno (primera porción del intestino). Ambas presentan el dolor tipo urente en la región superior del ombligo, pero generalmente con la ingesta de comida hay mejoría del dolor para la úlcera duodenal.
Otra diferencia es que la úlcera duodenal se asocia más a sangrado digestivo alto que se manifiesta por vómito café o deposiciones negras.