El síndrome de colon irritable no tiene una cura definitiva. Se controlan los síntomas con medicamentos, dietas y actividad física regular además de hacer controles periódicos si se considera necesario. La limpieza de colon se puede hacer pero cada procedimiento tiene sus indicaciones y contraindicaciones propias. Generalmente se realiza con equipos especiales o simplemente con el uso de una medicación laxativa que evacúe completamente el contenido colónico, tal como se recomienda en ocasiones para algunas cirugías o para realizar colonoscopias.