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Debido a que el complejo B está conformado por Tiamina (B1), Rivoflavina (B2), Niacina (B3), Ácido Pantoténico (B5), Piridoxina (B6), Biotina (B7), Ácido Fólico (B9) y Cobalamina (B12), una deficiencia de cualquiera de estas vitaminas podría generar síntomas, sin embargo, los más notorios son aquellos generados por deficiencia de B1, B2, B3, B6 y B12.
La deficiencia de vitamina B1 produce Beriberi, que es una enfermedad que produce principalmente fatiga intensa; la deficiencia de vitamina B2 puede generar hinchazón de la lengua, pérdida de las papilas gustativas, lesiones en las comisuras de los labios, piel seca y descamativa; la deficiencia de B3 produce Pelagra; la deficiencia de vitamina B6 (bastante infrecuente) puede producir alteraciones neurológicas y la deficiencia de vitamina B12 puede producir anemia megaloblástica.
Generalmente una persona que tiene una dieta sana y balanceada que incluya vegetales frescos, frutas, legumbres, carnes frescas, pescado, y sea baja o limitada en alimentos procesados o muy condimentados no debería presentar ningún tipo de deficiencia vitamínica a menos que presente alguna condición genética que le impide absorber correctamente las vitaminas, por lo que generalmente esto no debe ser motivo de preocupación.