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El problema más grande del uso incorrecto de antibióticos es la resistencia que genera. Lo que significa que una infección bacteriana común se puede complicar por necesitar un antibiótico de última generación o que no exista un medicamento que lo elimine.
Otro efecto que tienen es que te hace susceptible a contraer infecciones oportunistas como las causadas por hongos o que sufras de diarrea ya que los antibióticos barren la flora intestinal que nos defienden de infecciones gastrointestinales.
Es poco probable que cause enfermedades autoinmunes, ya que estas enfermedades necesitan múltiples factores para manifestarse.
Espero que mi respuesta sea útil.