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No, no es cierto.
Los antibióticos son medicamentos ampliamente usados que combaten las infecciones causadas por bacterias. Por su mecanismo de acción destruyen las bacterias, sin destruir las células del cuerpo sanas.
Los antibióticos NO altera ni empeora las enfermedades autoinmunes, por lo que NO deberías preocuparte.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.