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Con respecto a los efectos a largo plazo en el cerebro, aunque son pocos los estudios realizados en humanos, algunos estudios realizados en animales muestran que la exposición a la marihuana durante el desarrollo puede producir daño a largo plazo y posiblemente permanente en el cerebro. Las ratas expuestas a tetrahidrocannabinol (THC) antes del nacimiento, poco después del nacimiento y durante la adolescencia, muestran más tarde durante la vida problemas notables en el aprendizaje y en tareas relacionadas a la memoria. Este daño cognitivo está asociado a cambios estructurales y funcionales en el hipocampo (una estructura del cerebro que participa en los procesos de memoria y aprendizaje). Asimismo, se ha relacionado el uso de marihuana con trastorno por abuso de sustancias y otros trastornos psiquiátricos como esquizofrenia, cuando existe predisposición genética en el individuo. Las personas que utilizan marihuana antes de los 18 años tienen 4 a 7 veces más de probabilidad de desarrollar trastorno de uso por marihuana una vez que son adultos, frecuentemente asociados a la dependencia (presencia de síntomas como irritabilidad, alteración del estado de ánimo, trastornos del sueño, disminución del apetito y cansancio cuando la persona no se encuentra bajo los efectos de la marihuana). Los estudios sugieren que el 9% de las personas que la utilizan se harán dependientes, elevándose hasta 17% esta cifra cuando el uso comienza en edades tempranas.
En lo que respecta a consecuencias a largo plazo en demás partes del organismo,pocos estudios han mostrado una asociación clara entre el uso de marihuana en la adolescencia y un riesgo incrementado para una forma agresiva de cáncer testicular, y se ha descrito una rara entidad conocida como síndrome de hiperemesis cannabinoide, caracterizada por episodios frecuentes de náusea, vómitos y deshidratación, en personas menores de 50 años y con un largo historial de uso de marihuana. Suele autolimitarse una vez que se suspende su consumo.
Otras consecuencias a largo plazo son la irritación de las vías respiratorias (si se consume fumada) lo cual puede llevar a tos crónica y/o bronquitis crónica.
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