¿Por qué me pueden doler demasiado las rodillas por mucho tiempo, teniendo un diagnóstico por Tendinitis y haciendo mucho ejercicio? 

Lo más probable es que se tenga desgaste del cartílago patelofemoral o Artrosis patelofemoral, esto suele deberse a sobre uso, impactos repetidos aunados al uso de calzado inadecuado, lo que conlleva a una mala marcha; se recomienda consultar con un ortopedista, ojalá con experiencia en medicina biológica para que regenere el cartílago y recomiende unas plantillas de realce plantar para alinear la marcha.