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Si, esta bien hacerlo así, incluso el examen de embarazo en orina se puede realizar con la orina de cualquier momento del día.
Si esta por llegarte la menstruación, esta se puede manifestar como manchas marrones en un inicio y luego ser un sangrado más abundante. Esto no implica nada malo o tiene otro significado.
Entiendo que la preocupación por un embarazo te tenga tan nerviosa, pero si ya has tenido menstruaciones después de esa relación de riesgo, además esa relación sexual no implico eyaculación dentro del conducto vaginal, y has tenido test de embarazo negativos, se puede descartar un embarazo.
La dispepsia debe investigarse si se mantiene en el tiempo, para eso deberías acudir a consulta presencial, ya que de acuerdo a un correcto examen físico podrán dar con una posible causa.
Espero orientarte. Recuerda usar métodos anticonceptivos de barrera como el condón para evitar el contagio de enfermedades de transmisión sexual.