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La efectividad de los anticonceptivos inyectables es mayor al 99% por lo que las probabilidades de embarazo son muy muy bajas, adicionalmente, no está descrito que el naproxeno disminuya la efectividad anticonceptiva de la inyección por lo que no considero que éste haya producido falla del método.
Uno de los efectos adversos de los anticonceptivos hormonales es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, variación de la cantidad de sangrado, etc.
Por lo que tu retraso podría estar siendo causado por el anticonceptivo, sin embargo, en caso de que éste persista, te sugiero consultar con tu médico para que éste determine si requieres estudios adicionales o un tratamiento específico.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.