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No, puedes estar completamente tranquila, la vacuna de la influenza, no genera ningún tipo de interacción con el implante subdérmico, así te hayas aplicado la inyección en el mismo brazo donde esta el implante, por lo cual no va a disminuir su eficacia, ni generará ningún tipo de alteración con el método anticonceptivo.
Recuerda que la eficacia del implante subdérmico es del 96% la cual es muy efectiva, y es uno de los métodos mas seguros. Puedes colocarte vacunas en el mismo brazo sin ninguna afectación. Recuerda el uso del preservativo para evitar enfermedades de transmisión sexual.