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SI tu cuerpo no está acostumbrado al ejercicio físico y además no realizaste un buen estiramiento o no te hidrataste adecuadamente antes, durante y posterior a la carrera, es normal que los músculos se sobrecarguen, empiecen a trabajar con poco oxígeno, secreten ácido láctico y empiecen a doler.
Para el manejo del dolor te recomiendo estos días reposo, realizar actividades de estiramiento cuando te levantes y te acuestes (hay muchos videos en la internet que te pueden guiar), puedes tomar un analgésico anti inflamatorio de venta libre para el dolor como naproxeno o acetaminofen y puedes masajear las extremidades con alguna pomada para aliviar el dolor.
No es necesario acudir a urgencias por esta condición, a menos de que el dolor sea incontrolable o empieces a notar que las piernas y los pies se inflaman y se ponen rojos o morados.