El dolor de barriga durante el ejercicio puede ser por el ejercicio mismo o por causa gastrointestinal.
El dolor puede ser muscular, en tus abdominales como respuesta esperada, los músculos sufren unos pequeños desgarros y se van fortaleciendo, hipertrofiando. También es probable que tu dolor esté relacionado con una técnica inapropiada de respiración durante el ejercicio.
La otra causa es que sea causa gastrointestinal. En esta lo que ocurre es que el flujo de sangre durante el ejercicio se va a tus músculos que están activos, eso disminuye el flujo a tu barriga y si comiste cerca a tu hora de entrenamiento puede causarte molestias al no haber digerido completamente los alimentois.
Por lo que te recomiendo que durante tu actividad tengas una buena técnica de respiración y adecuadas posiciones que no lesionen tus músculos abdominales, hidratarte bien y evitar comida al menos 2 horas antes de tu entrenamiento.
Los cálculos en los riñones como dices y dado que no tienes otro síntoma ni antecedentes no son la causa en estos momentos de tu dolor. Sin embargo consulta a tu médico si persiste el dolor, si tienes cambios en la orina, si aparece fiebre, vómito.