¿Puedo quedar embarazada si masturbe a mi novio y quedo algo de semen en mi mano, pero fue limpiado por un papel y además espere unos 3 minutos antes de tocar mi vagina?

No, las probabilidades de embarazo de esta forma son minimas, ya que para que esto ocurra es necesario que haya penetracion con posterior eyaculacion dentro del canal vaginal, sin el uso de métodos anticonceptivos. En adicion a esto, los espermatozoides al permanecer en contacto con el exterior mueren en cuestion de pocos minutos, por lo cual en las circunstancias que describes estos no podrian ocasionar una fecundadacion, de modo que puedes estar tranquila.