Si estos dolores de cabeza no te habían dado antes y aparecieron justo después de la colocación del implanon, lo mas seguro es que si pueda ser secundario al uso del implante, recuerda que los efectos secundarios más comunes son los siguientes:
1. Irregularidad menstrual, más comúnmente retrasos menstruales
2. Aumento de peso
3. Nauseas
4. Dolores de cabeza
5. Acne
Te recomiendo cambiar de método anticonceptivo si se demuestra que en efecto el uso del implanon genera el dolor de cabeza, te recomiendo asistir a cita de medicina general para descartar otras causas.