El embarazo esta descartado, te recuerdo que no puede haber embarazo y sangrado menstrual al mismo tiempo.
En cuanto al flujo marron que refieres MUY probablemente se debe al uso del método de emergencia, que debido a la alta carga hormonal que supone, genera irregularidades menstruales, entre las que destacan los goteos intermenstruales.
Por todo lo anterior no tienes nada de qué preocuparte, se trata de un efecto adverso que va a ceder a medida que pasen las semanas y tu cuerpo vuelva a la normalidad.
Espero aclarar tu duda y ser de ayuda, te sugiero la opción de acudir a un centro de planificación, para que tras la valoración te indiquen los métodos anticonceptivos hormonales que mejor se puedan adaptar a tu estilo de vida y estado de salud. Recuerda que el único método anticonceptivo que evita el contagio de enfermedades de transmisión sexual es el condón. Gracias por usar nuestra plataforma, no olvides calificarnos.