No, no es malo dormir con el estómago lleno. Lo que sucede es que existe la probabilidad que durante el sueño el músculo esfínter del esófago (encargado de mantener la comida en el estómago) se relaje y el contenido de este se devuelva (reflujo gástrico) bien sea al esófago, boca o vías respiratorias (lo que posiblemente te sucedió) generando de esta manera sensación de atragantamiento, ahogo y tos.
Te recomiendo que disminuyas la cantidad de comida previo a dormir o que aumentes el espacio de tiempo entre comida y sueño para que puedas evitar el reflujo y posibles complicaciones del mismo.