Es cierto, esas variaciones no representan enfermedad y no deben preocuparte; el hecho de que el valor no sea cero es por la forma como se realiza el test, por ese motivo se establece un punto de corte (en este caso el punto de corte es 1 para que se considere positivo) que permite garantizar la fiabilidad del resultado.
En cuanto a la segunda pregunta, en la mayoría de personas que adquieren la infección por VIH, la primera prueba, más teniendo en cuenta que se hizo a los 30 días, logra detectar la infección; en pocas personas, menos del 5% puede tardarse un poco más, por ese motivo en ocasiones se considera repetir la prueba cierto tiempo después, generalmente son 3 meses, pero hay estudios que indican que se puede tener un resultado concluyente un poco antes.
En tu caso, considero que puedes estar tranquilo, y no requieres pruebas adicionales con respecto a la relación de riesgos que tuviste hace 89 días.
Espero haberte aclarado las dudas, si te surgen más ¡escríbenos!.