Los riesgo que corre un paciente al realizarse una tomografía computarizadas parten de la radiación que emite cada examen imagenológico. Generalmente el paciente no está constantemente expuesto a esta radiación por lo que se ha establecido que lo que recibe para el examen es una cantidad suficiente para no hacerle daño, sin embargo no es pertinente hacerse muchas tomografías en poco tiempo porque la radiación puede tener efectos biológicos, es factor de riesgo para desarrollar cáncer o promueve la infertilidad en algunos casos. Se debe tener siempre en cuenta el paciente con implantes o prótesis metálicas pues el campo magnético que promueve esta prueba puede arrancarlas y generar accidentes.