El Metotrexate puede tener efectos adversos como gastrointestinales, es decir generar náuseas, vómito, mareo. Puede presentar faringitis, gingivitis, hemorragia gastrointestinal, disminución de las células sanguíneas y anemia (por lo que debe tomar ácido fólico conjunto), aumento de las enzimas hepáticas, toxicidad renal, alteraciones en piel por alergia. Debe estar en control con su médico tratante.