¿Tomar por mucho tiempo las pastillas de 21 días es malo: puedo quedar infértil o me puede pasar algo?

No, las pastillas anticonceptivas en la gran mayoría de ocasiones son muy seguras. Pueden producir -como cualquier otro medicamento- efectos secundarios, pero cada caso es diferente y en algunas personas incluso no se presentan.
El uso por tiempo prolongado de estas pastillas no afecta la fertilidad a futuro si la mujer decide suspender su uso.