Mi hijo de 3 años tiene un sarpullido en las nalgas, aparentemente se estaba mejorando pero pasó de ser pepitas a ser una mancha roja.

Lastimosamente sin una valoración presencial no es posible darle un diagnóstico. Si usa pañal, probablemente se trate de una pañalitis. Sin embargo lo más recomendable es que consulte a su médico tratante para que se realice una valoración completa y objetiva de los síntomas y se defina una conducta.
Trate de evitar el rascado, la aplicación de cremas, ungüentos o aguas que no estén formuladas por su médico.