Al haber descontinuado las pastillas se genera un descontrol hormonal importante. El flujo que está presentando probablemente esté relacionado con esto. Recuerde que la única manera de evitar embarazos no deseados es usando métodos de planificación familiar como pastillas, inyecciones, parches, implantes.
Si la prueba de embarazo fue negativa, quiere decir que no hay un embarazo actualmente. Por lo tanto el manchado que está presentando puede corresponder a la menstruación.