Una de las diferencias es la causa: la tricomoniasis es causada por la Trichomonas vaginalis la cual no hace parte de la flora vaginal normal y se considera una infección de transmisión sexual; mientras que la vaginosis es un desequilibrio entre las bacterias de la flora vaginal normal (bacteroides, lactobacilos, gardnerella, prevotella, peptostreptococcus, entre otras).
Las 2 causan síntomas similares, sin embargo la tricomoniasis genera lesiones en el cuello uterino y la pared de la mucosa vaginal. Su diagnóstico se realiza mediante frotis, bajo visión directa de la muestra en el microscopio o en ocasiones cultivo.