Por lo general los quistes pilonidales no generan síntomas y se descubren de forma incidental, generan dolor, afectan la región sacrococcigea. La forma en que se realiza el diagnóstico es mediante una valoración presencial.
Por lo general las lesiones de los quistes pilonidales producen dolor al sentarse o al permanecer de pie, inflamación del quiste, secreción de pus o sangre del absceso.