Es necesario permanecer sin ingerir agua ni alimentos durante las 6 u 8 horas previas a la prueba. Esto facilita la exploración del intestino. Además, disminuye la posibilidad de vomitar con el consiguiente riesgo de que el vómito entre por la vía respiratoria y dé problemas pulmonares graves. En caso de que se haga una endoscopia urgente (principalmente en casos de hemorragias digestivas importantes) se suele colocar previamente una sonda por la nariz hasta el estómago (una sonda nasogástrica), que vaciará el estómago de restos de comida. De todas formas, cada centro tiene su protocolo de preparación previa y debe averiguar con dicho centro que condiciones se deben cumplir.