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Puede ser por causa de falta de lubricación, si la relación sexual es con preservativo y eres alérgica al látex, esa también puede ser una causa potencial.
En otros casos el cambio de Ph vaginal por causa del semen del hombre es un motivo de molestias, en otros casos puede ser por presencia de infecciones, entre otros causales de mayor frecuencia.
En cada caso, se debería investigar con una buena revisión ginecológica la situación, sobretodo si se torna de carácter frecuente, ya que lo normal, es que la relación sexual no genere molestias.
Espero haber sido de ayuda con tu pregunta, a través de mi orientación.
Seguiremos atentos a resolver tus dudas en salud.