Ambos medicamentos son del grupo de los inhibidores de la bomba de protones (IBPs) y funcionan reduciendo la secreción de ácido gástrico. La diferencia está en su estructura química, en términos más sencillos se puede decir que el esomeprazol es una forma purificada del omeprazol. El esomeprazol tiene más actividad que el omeprazol y su disponibilidad en el cuerpo es mayor; algunos estudios científicos han encontrado que este medicamento ofrece un mejor control de la enfermedad por reflujo gastroesofágico que el omeprazol; sin embargo dado que son muy similares en ocasiones se pueden intercambiar.
El omeprazol no se debe usar de manera conjunta con clopidogrel, el esomeprazol por su parte puede reducir la actividad de este medicamento por lo que la dosis debe ser ajustada por el médico.
Los efectos adversos más frecuentes de estos medicamentos son dolor de cabeza, diarrea, náuseas, dolor abdominal, gases intestinales, estreñimiento y resequedad bucal.
Durante el embarazo y la lactancia solo deben usarse bajo prescripción médica si los beneficios superan los riesgos.