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Si, la pastilla del día siguiente actúa independientemente de la fase en la que te encuentres:
Si el espermatozoide ya fecundo al ovulo entonces es muy posible que ya la pastilla no tenga acción, es por ello que he se pide que se tome en las primeras 72 horas en dondequiera aún es posible evitarlo, preferentemente a las 12 horas.
Recuerda que la pastilla anticonceptiva de emergencia no es un método de planificación familiar por lo tanto debe solo utilizarse cuando realmente se requiera, se debe limitar a 3 veces al año porque puede causar alteraciones hormonales.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.