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Sí pueden estar presentes al mismo tiempo, las amígdalas son una línea de defensa ante agentes infecciosos que entran por la boca o nariz. Estas se inflaman con la intención de contener la infección, la gripe al ser una infección respiratoria puede desencadenar este efecto inflamando las amígdalas lo que se conoce como amigdalitis. Una infección normal se resuelve por si sola en un periodo de 7 a 14 días, para disminuir las molestias se puede tomar medicamentos para el dolor e inflamación de libre venta en las farmacias como son el paracetamol. Espero que esta información le sea útil quedando a su disposición por si tiene más dudas.