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Si, esta situación puede repercutir sobre tu periodo menstrual.
No indicas que tipo de método te encontrabas usando, sin embargo, en el caso de los anticonceptivos que contienen hormonas (pastillas, inyecciones, implantes, dispositivo intrauterino con hormonas, etc), está descrito que el periodo y los ciclos ovulatorios podrían tardar en regularse de 3-12 meses.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.