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Si notas que esta muy congestionado puedes intentar además del fisiolim hacerle lavados nasales con suero fisiológico y una jeringa. En algunos bebés esto puede ser más efectivo que los spray de presión.
Como comentas que esto sucede especialmente por la noche y en la mañana puede estar también relacionado con que tenga un poco de frío ha estas horas. Por lo que te recomiendo colocarle unas cobijas adicionales y evitar las corrientes de aire.
Como tu bebé es tan pequeño en este momento no es recomendable que le des medicamentos para manejar la congestión.
Espero esta información te sea de ayuda, si tienes preguntas adicionales no dudes hacerlas por la plataforma.