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Tranquilo, no es efecto de la inyección antibiótica. En este caso hace parte del curso de la enfermedad, es decir de la amigdalitis. Como tal la infección está siendo manejada con el antibiótico pero es probable que aparezca tos con flemas o mocos, los cuales irán desapareciendo con el pasar de los días.
Espero haber sido de ayuda, cualquier otra inquietud no dudes en escribirnos nuevamente.