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El color marrón se debe a la oxidación de sangre dentro del útero, esto puede deberse a un sangrado residual que no había salido del todo en tu anterior menstruación o que tardó mucho en salir. En realidad no es grave. Por otro lado, si puedes quedar embarazada en las primeras 24 hrs, del día que se tuvo actividad sexual, sin embargo si ya estás menstruando dudo que estés embarazada.
Para confirmar o descartar un embarazo puedes realizarte una prueba cumpliendo tres semanas después de la actividad sexual de riesgo. Por el momento trata de estar tranquila ya que las situaciones de estrés pueden condicionar cambios en tu ciclo menstrual normal.
Espero haberte ayudado, vuelve a escribir si tuvieras otra pregunta. No olvides calificarnos.