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Entiendo tu preocupación, con las pruebas que has realizado se descarta totalmente un embarazo, cuando se planifica con anticonceptivos hormonales hay la posibilidad de presentar alteraciones menstruales y algunas mujeres presentan alteraciones hormonales, se consideran efecto secundarios esperados, al suspender la inyección la menstruación puede tardar entre 1 hasta 3 meses en regularizarse o llegar, toma en cuenta que si añadimos que hay estrés esto también puede causar alteraciones hormonales.
Por ello se recomienda que acudas con tu médico ya que esta situación esta generando repercusión en tu vida, por lo tanto el podrá valorar el uso de inductores de menstruación o valorar el uso de otro tipo de tratamientos.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.