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No hay problema ya que se trata de una sedación, lo cual quiere decir que no vas a estar completamente inconsciente, pero cuando termine el procedimiento no lo vas a recordar.
Los medicamentos utilizados para la sedación se usan a bajas dosis ya que la duración del procedimiento es muy corta. Sin embargo te pueden recomendar que no le des lactancia a tu hijo por 24 horas para evitar que por medio de la leche trasmitas un poco del medicamento al niño.
Mi sugerencia para ti es que previo al procedimiento aclares que estás lactando para que el médico, dependiendo el medicamento que use, te de las recomendaciones pertinentes.
Espero haberte sido de ayuda, si tienes más preguntas no dudes en hacérnoslas saber.