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No, no afecta nada.
Cuando tu necesitas tomar la postday es porque estás ante una emergencia, y en estos casos son pocas las condiciones que contraindican su uso, por eso tienes que tomarte la postday sin importar el antibiótico, esto no se va a alterar.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.