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Durante la menstruación es poco probable que haya un óvulo disponible para ser fecundado y además, la capa interna del útero se encuentra en desprendimiento por lo que es muy difícil que se albergue un embarazo allí.
Así que las probabilidades de embarazo durante el periodo son bajas (pero no inexistentes), además, el contacto con el líquido seminal no debería alterar tu ciclo.
Si el retraso persiste, puedes realizar una prueba de embarazo para descartar esta cómo la causa, en sangre se sugiere realizarla hacia los 10-14 días de la relación sexual y en orina hacia las 3 semanas, así que para éste momento los resultados deben ser confiables.
Si la prueba es negativa pero tú retraso persiste, te sugiero consultar con tu médico para que éste estudie otras causas de tus síntomas.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.