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En efecto el cistograma pudo haber causado un trauma en tu uretra al momento de colocar la sonda y teniendo en cuenta que tuviste una infección y ello inflama aún más las vías urinarias y las hace más susceptibles y sensibles.
Si sólo comentas esa sensación o molestia podrías intentar ingerir algún antiinflamatorio/analgésico de venta libre por algunos días para intentar desinflamar la zona, así como mantener protegidas tus vías urinarias ingiriendo bebidas ácidas como el jugo de arándanos o algunos cítricos excepto naranja ya que ésta es muy dulce.
Si las molestias no ceden en unos días te recomiendo acudir con tu médico ya que probablemente la infección no haya desaparecido y sería necesario confirmarlo con un examen general de orina o urocultivo.
Espero haber respondido tus inquietudes, estamos para orientarte.