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Dado que el niño llora del dolor, te sugiero consultar de forma prioritaria ya que ésta es una intensidad considerable de dolor y puede ser un signo de alarma, otros signos de alarma son: que llegue a presentar dolor abdominal, sangrado al orinar, que no pueda orinar, náuseas y vomito, fiebre.
Para poder establecer una causa específica del dolor, se requiere de una valoración médica completa en la cuál se incluya examen físico e historia clínica, incluso podría requerir estudios diagnósticos adicionales.
El dolor podría ser secundario a ardor al orinar, secundario a la presencia de cálculos en la vía urinaria, secundario a algún problema testicular o del pene, etc, y cada causa requiere un tratamiento específico razón por la que te sugiero consultar.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.