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El implante anticonceptivo es un método que tiene una efectividad mayor al 99% por lo que las probabilidades de embarazo con éste dispositivo son mínimas y dado que ya descartaste con una prueba un embarazo, las pruebas de que el retraso sea causado por una gestación son prácticamente nulas.
Por otro lado, uno de los efectos adversos de más comunes de los anticonceptivos que contienen hormonas cómo el implante es la irregularidad del ciclo menstrual, pudiendo producir sangrados persistentes, retrasos y ausencias del periodo, así que pienso que es muy probable que tus síntomas se deban al anticonceptivo (es normal) y no requiere tratamiento alguno.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.