No, no afecta en nada.
La endoscopia es un examen que consiste en la inserción de una cámara por la cavidad gástrica, no existe ningún contacto con las costillas o la cavidad del tórax, únicamente se realiza dentro de la boca y el estómago, por lo que NO va a existir ninguna clase de complicación por tu costocondritis.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.