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Clotrimazol es un medicamento indicado para controlar infecciones por hongos y metronidazol para combatir infecciones causadas por bacterias.
Dado que ambos medicamentos son diferentes, considero que al administrarlos juntos (al mismo tiempo) el uno puede disminuir el efecto del otro.
En éste caso te recomendaría aplicarlos por separado, por ejemplo podrías aplicar uno en las mañanas y el otro en las noches, por el tiempo indicado por tu médico.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.