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El fluconazol no afectará la función de la inyección anticonceptiva, debes saber que si planificas de manera correcta como nos has indicado con cyclofem estas protegida en un 98 a 99% y no era necesario el uso del anticonceptivo de emergencia, pero al utilizarlo combinaste has ingerido una carga alta de hormonas, esto no disminuirá el efecto de la inyección pero puedes causar alteraciones hormonales. Veras la ausencia de la menstruación puede verse causada por la inyección anticonceptiva hormonal, ya que esta causa cambios en la menstruación, pueden presentar disminución del sangrado y algunas ausencia de la menstruación, y ambos son efectos esperados, y también las pastillas anticonceptivas de emergencia pueden ocasionar que el periodo se retrase pero no mas de 3 semanas. La pastilla anticonceptiva de emergencia puede ocasionar alteraciones hormonales por ello solo debe utilizarse cuando realmente se requiera.
Si deseas continuar estando protegida debes aplicar la inyección anticonceptiva mensual cada 30 días +/- 3 días, es decir tienes de 27 a 33 días desde la última dosis para aplicar la inyección y así estarás protegida desde el primer día. Si pasas de los 33 días es necesario utilizar preservativo por 7 días.Algunas mujeres prefieren aplicarla el mismo día de cada mes para un mayor control, también es correcto porque entra dentro de los días permitidos.
Si tienes más dudas es necesario que vuelvas a formular otra pregunta, estaré al pendiente de tus dudas.