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No, el efecto de la pastilla no se va a ver alterado por presentar únicamente una deposición 1 hora o 1 hora y 30 minutos después de la ingesta del medicamento. Por lo que no deberías preocuparte.
La mayoría de medicamentos se demoran en absorberse en el estómago y a nivel intestinal, por lo que NO va a ocurrir una pérdida de su efecto únicamente por la deposición.
Espero haberte ayudado y estaré atento si tienes más dudas para poder orientarte.