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No, no afecta la efectividad del tratamiento el hecho de tener relaciones sexuales con condón mientras estás en manejo de vaginosis bacteriana; sin embargo, puede generar que tus síntomas no mejoren tan rápido y que puedas tener molestias con las relaciones. La recomendación es abstenerse de tener relaciones sexuales hasta que se termine el tratamiento.
Siempre se recomienda el uso de condón con el objetivo de evitar reinfecciones, evitar contraer infecciones de transmisión sexual (Ej. VIH, Sífilis, Virus del papiloma humano que puede predisponer a cáncer de cuello uterino) y embarazos no planificados.
Espero que esta información sea útil, en caso de tener preguntas adicionales, no dudes en contactarnos.