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Lo mas probable es que durante la noche se haya resecado mucho tu garganta lo cual hace que las secreciones y la saliva que producimos en la noche se espesen y tomen el color amarillo; al toser y la garganta estar seca puede generarte el malestar que nos cuentas.
Es importante que tomes abundantes líquidos, ojalá fríos y con esto debería ir disminuyendo la molestia.
En caso de presentar fiebre mayor a 38 grados o continuar presentando las molestias te recomiendo consultar con tu médico para descartar otras alteraciones.
Déjanos saber si te ha resultado útil esta respuesta y no dudes en preguntarnos de nuevo.