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La respuesta a tu pregunta es si, clotrimazol es un medicamento diseñado para el manejo de infecciones por hongos, en éste caso en la mucosa vaginal.
El tratamiento indicado por tu médico es el recomendado para el manejo de éste tipo de infecciones, así que te recomiendo aplicar el medicamento después del baño (ya que con el agua de la ducha puedes remover la crema), así el medicamento actúa sobre la mucosa vaginal durante todo el día hasta que debas aplicarla nuevamente en la noche.
Espero haber podido ayudarte y orientarte.