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Clotrimazol es un medicamento usado para la erradicación de infección por hongos, que actúa alterando la permeabilidad de la membrana celular de los hongos así que permite la entrada de diversas sustancias y les ocasiona la muerte.
Para responder a tu pregunta, no te recomiendo el uso de la crema tópica en la mucosa vaginal, ya que éste producto está hecho para colocarse sobre la piel externa y si lo aplicas en la vagina puedes generar irritación (además existe una presentación especial para ser usada en vagina).
Espero haber podido ayudarte y orientarte.