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Según describes tu sintomatología está asociada a el consumo de chocolate. Si este es un alimento que no toleras adecuadamente por tu reflujo gastroesofágico de base y teniendo en cuenta que sus componentes pueden exacerbar esta condición, consecuentemente pueden alterar el proceso de la absorción intestinal y desencadenar deposiciones diarreicas. El omeprazol no es un medicamento de genere deposiciones diarreicas. Frente a esta condición que me mencionas te recomiendo lo siguiente para ayudarte a el tratamiento de los síntomas;
Si a pesar de esto aún persistes con esta sintomatología te solicito que vistes a tu médico para que pueda darte una valoración apropiada.
Espero haber sido de tu ayuda.